1969年7月5日,扎赉特旗随呼伦贝尔盟(今呼伦贝尔市)划归黑龙江省。1979年5月30日,划回内蒙古自治区后仍属呼伦贝尔盟。1980年7月26日,恢复兴安盟建制,扎赉特旗归属兴安盟行政公署管辖。
1984年,扎赉特旗辖10个苏木、10个乡、1个镇、164个嘎查村、20个居民委员会、1个乡级国营种畜场。
1991年,辖9个苏木、8个乡、1个镇、189个嘎查、20个居民委员会、1个乡级国营种畜场。
1997年,辖9个苏木、8个乡、4个镇、191个嘎查村、30个居民委员会、1个乡级国营种畜场。
2000年,辖3个苏木、8个乡、8个镇、194个嘎查村、1个乡级国营种畜场。
2006年,辖1个苏木、1个乡、7个镇、194个嘎查村、1个乡级国营种畜场。
2011年,辖3个苏木、3个乡、7个镇、194个嘎查村、1个乡级国营种畜场。
2017年,辖3个苏木、2个乡、8个镇、196个嘎查村、10个社区、20个居民委员会、1个乡级国营种畜场。
截至2019年,扎赉特旗辖3个苏木、2个乡、8个镇、196个嘎查村、11个社区、1个社区办、1个乡级国营种畜场。