民国15年（1926），扎赉特旗属黑龙江省。民国21年（1932），伪满洲国将扎赉特旗札萨克衙门改为旗公署，取消原有的封建王公世袭制度，札萨克改为旗长，隶属伪兴安南分省。民国23年（1934），扎赉特旗隶属改制后的伪兴安南省。民国25年（1936），伪扎赉特旗公署设在音德尔（今音德尔镇）。民国32年（1943），扎赉特旗属伪兴安总省所属兴安南地区行署管辖。民国34年（1945）9月，扎赉特旗隶属国民政府新设的辽北省。民国35年（1946）1月，扎赉特旗先后隶属于兴安盟、兴安省。

1947年10月，扎赉特旗民主政府成立，驻音德尔。1952年2月9日，撤销科尔沁右翼后旗后，原属科尔沁右翼后旗的图牧吉努图克（今图木吉苏木等）划归扎赉特旗。1953年1月23日，撤销兴安盟建制，扎赉特旗隶属内蒙古自治区东部区行政公署所辖。1954年4月30日，撤销东部区行政公署，扎赉特旗划归呼伦贝尔盟（今呼伦贝尔市）人民政府管辖。