春秋战国时期，扎赉特旗为东胡族游牧地。西汉属鲜卑，东汉至西晋基本上分属于鲜卑、夫余，南北朝属室韦。隋大业八年（612），今旗境属室韦（南室韦）。唐开元二十九年（741），今旗境属河北道室韦都督府辖区。辽天庆元年（1111），设置兴国县（治所在今扎赉特旗东南），隶属上京道长春州。金大定二十九年（1189），今旗属北京路临潢府泰州境，德昌军节度使辖。兵事属东北路招讨司，东北路招讨司设在泰州，是金东北的军事中心，保护金界壕的指挥部。

元至顺元年（1330），今旗境大部属泰宁路，东南部部分地区属朵因温都兀良哈千户所，隶属开元路。明宣德八年（1433），今旗境属奴儿干都司朵颜卫辖区。清天聪五年（1631），清朝将扎赉特部编定扎赉特旗（为札萨克旗）。扎赉特旗札萨克参加哲里木会盟，属哲里木盟（今通辽市）。清嘉庆二十五年（1820），扎赉特旗札萨克治所在今黑龙江省泰来县城东南，扎赉特旗境内有绰尔城，均隶属哲里木盟。清光绪二十八年（1902），扎赉特旗境内放垦。