民国21年（1932）3月，取消哲里木盟（今通辽市）的名称及建置，设兴安三分省，科尔沁右翼中旗隶属于兴安南分省。7月，废弃盟、旗王公制度，改旗札萨克为旗长，并逐步推行省、旗、努图克、嘎查、艾里的行政建制。伪满洲国将科尔沁右翼中旗更名西科中旗，伪旗公署驻代钦塔拉王府，属伪兴安南分省。民国23年（1934）12月，伪满洲国政权将伪兴安总署升格为蒙政部，兴安南分省升格为兴安南省，今旗境隶属于伪满洲国蒙政部兴安南省。民国32年（1943）10月，伪满洲国蒙政部改称兴安总省，兴安南省被撤销，改设兴安南地区，西科中旗隶属于伪满洲国兴安总省兴安南地区行署管辖。

1945年8月12日，西科中旗隶属于新兴安总省临时政府。9月，西科中旗属哲里木盟，隶属于国民政府新划的辽北省。1946年1月，东蒙古人民自治政府成立，设兴安省。西科中旗隶属于东蒙古人民自治政府兴安省管辖。4月，内蒙古自治运动联合会成立，东蒙古人民自治政府和所属兴安省被撤销，成立兴安省和兴安盟，兴安盟隶属于兴安省。6月23日，成立西科中旗民主政府（驻高力板），隶属辽吉省。

1947年5月1日，内蒙古自治政府成立后，西科中旗隶属兴安盟。5月13日，兴安省和兴安盟建置被撤销，西科中旗直隶内蒙古自治政府管辖。1948年11月，内蒙古自治政府新设兴安盟，西科中旗隶属于新设兴安盟管辖。1949年3月，西科中旗恢复科尔沁右翼中旗名称，旗人民政府驻高力板镇。