1968年1月28日，经内蒙古自治区革命委员会批准，莫力达瓦达斡尔族自治旗革命委员会成立。1969年7月5日，莫力达瓦达斡尔族自治旗划归黑龙江省大兴安岭地区。1979年5月30日，重新划归内蒙古自治区，仍属呼伦贝尔盟（今呼伦贝尔市）管辖。1981年10月，撤销莫力达瓦达斡尔族自治旗革命委员会，成立莫力达瓦达斡尔族自治旗人民代表大会常务委员会和人民政府。

1986年，莫力达瓦达斡尔族自治旗辖11个乡、10个镇、2个少数民族乡。

1997年，辖22个乡镇、300个行政村(村民委员会)、986个村民小组、26个居民委员会、211个居民小组。

1998年，辖12个乡、10个镇。

1999年，辖10个乡、12个镇。

2002年，辖6个乡、11个镇、220个行政村、841个自然屯、13个居民委员会、170个居民组、4个外驻单位。

2006年，辖10个乡镇。

2011年，辖12个乡镇（含3个民族乡）、5个街道办事处。

2012年，辖3个乡、10个镇、4个街道办事处。

2017年，辖4个乡、11个镇。

截至2019年，莫力达瓦达斡尔族自治旗辖4个乡、11个镇。