民国11年（1922），前苏联境内的一部分布里亚特蒙古人迁入锡尼河两岸游牧，建立布里亚特旗（在今旗境锡尼河东苏木）。民国21年（1932），伪满洲国撤销额鲁特、布里亚特2旗，将其区域与索伦左、右两翼八旗合并设置索伦旗，旗公署初设海拉尔，不久迁驻南屯（今巴彦托海镇），隶属伪兴安北分省。

1945年9月，成立索伦旗公署，隶属兴安省呼伦贝尔地区。10月，索伦旗公署隶属呼伦贝尔省政府。1946年3月，索伦旗隶属呼伦贝尔临时地方自治政府。1948年1月，呼伦贝尔地方自治政府取消地方自治，与内蒙古自治区实行统一自治。索伦旗公署改称索伦旗政府（驻南屯）。中华人民共和国成立后，索伦旗政府改称索伦旗人民政府。

1950年1月23日，内蒙古自治区人民政府设置喜桂图旗，将索伦旗北部的乌努耳、牙克石街和免渡河、扎罗木得努图克划归喜桂图旗。同时，将特尼河苏木划入陈巴尔虎旗。1955年7月，索伦旗人民政府改为索伦旗人民政府委员会。1958年5月29日，经国务院批准，撤销索伦旗，设置鄂温克族自治旗。8月1日，成立鄂温克族自治旗人民委员会，驻南屯，为县级民族自治地方，按照法律行使自治权。11月，全旗以苏木为基础成立“政社合一”的人民公社6个，每个人民公社设管理委员会。

1968年2月，鄂温克族自治旗革命委员会成立（设主任），全旗8个人民公社相继成立革命委员会。1969年7月5日，鄂温克族自治旗随呼伦贝尔市划归黑龙江省管辖。1979年5月30日，随呼伦贝尔市划回内蒙古自治区，仍隶属呼伦贝尔市管辖。