元朝时,今磴口县东南部(巴彦高勒镇周围)属宁夏府路;西部和西北大部属兀剌海路管辖,均隶甘肃行省。明初属宁夏卫,明万历十年(1582),今县境属“袄尔都司”。清康熙二十五年(1686),今县境属阿拉善和硕特蒙古牧地(俗称王爷地)。清康熙三十六年(1697),编入阿拉善和硕特旗辖地。
民国初年,沿袭清制。民国15年(1926),冯玉祥在五原誓师北伐,为便于军需供给,以原设“磴口兵站”为基础,始设磴口县治,隶属甘肃省宁夏道管辖。民国18年(1929)1月,国民政府批准正式设置磴口县,划归宁夏回族自治区管辖。民国25年(1936)4月,经蒙藏委员会决定,磴口县的土地管理权属阿拉善旗,行政管理归宁夏回族自治区。