自1998年开始，红山水库进行除险加固工程建设，到2009年完成。

2007年11月，自治区水利厅组织红山水库除险加固二期工程竣工技术预验收，并同意红山水库除险加固二期工程通过竣工验收。2009年2月，自治区水利厅办公室组织红山水库除险加固二期工程档案专项验收。

水库除险加固后，极大地提高了水库的防洪效益。经工程除险加固前后对比：下泄流量由加固前的3768立方米/秒增加到1.80万立方米/秒；防洪标准由1000年一遇增加到10000年一遇；兴利库容由加固前的1.4亿立方米增加至3.14亿立方米。

红山水库是辽河防洪体系的重要组成部分。根据《辽河流域西辽河干流防洪规划》中调查统计，西辽河干流防洪保护区，涉及内蒙古自治区、吉林省的8个旗县市的64个乡镇农场，耕地12.66万公顷，草场8万公顷，林地4.73万公顷，粮食产量87万吨，大小牲畜83万头只，国内生产总值41亿元，工农业总产值23亿元。

红山水库管理单位为红山水库管理局，行政隶属于自治区水利厅，单位驻地距离翁牛特旗乌敦套海镇，距离赤峰市90公里。交通方便，305国道线横贯水库左岸。